O museu foi criado oficialmente no ano de 1959, com a finalidade de constituir o patrimônio histórico e cultural do município. Em 1972, houve alteração do nome e objetivos e passou a chamar-se Museu Histórico e Pedagógico Municipal e destinou-se também ao culto do espisódio da Inconfidência Mineira, notadamente de Tomaz Antônio Gonzaga e o poema Marília de Dirceu, que inspirou o nome da cidade. Em 1996, passou a chamar-se Museu Histórico e Pedagógico Embaixador Hélio Antônio Scarabôtollo e, no ano de 1976, foi celebrado convênio com a Unesp para abrigar o museu, o que ocorreu somente em 2000.